Санітарно-епідеміологічна станція Державного управління справами створена Наказом Міністерства охорони здоров’я УРСР від 12.01.1970 року № 12 та Начальника ІV Головного управління при МОЗ УРСР від 01.06.1970 року № 53. Згідно з Указом Президента України від 25.09.2002 року і Розпорядження Кабінету України від 16.11.2002 року санепідстанцію передано в управління Державного управління справами.
У 2006 році лабораторії санепідстанції пройшли чергову акредитацію (Свідоцтво про атестацію акредитації № ПТ-0288/06 від 11.08.2006 року та № ПТ-0287/06 від 11.08.2006р., видані Українським Державним науково-виробничим центром стандартизації, метрології та сертифікації). Термін дії до 10.08.2009 року.
З метою своєчасного якісного забезпечення санітарно-гігієнічних та протиепідемічних заходів при оздоровлені населення в закладах Управління, розташованих в Автономній Республівці Крим, наказом Начальника Лікувально-оздоровчого об'єднання при Кабінеті Міністрів України № 19 від 12.07.1993 р. було створене санітарно-гігієнічне відділення в м.Ялта на базі санаторію “Дніпро”. Наказом № 37 від 20.07.1995 р. санепідвідділення було вилучене із структури санаторію “Дніпро” і включене в структуру санепідстанції. Відділення розташоване за адресою: 98662, Автономна Республіка Крим, м.Ялта, смт. Гаспра, Алупкінське шосе, 13. Санепідвідділення займає приміщення загальною площею 290 м² в санаторії “Дніпро” Державної податкової адміністрації України.
За згодою з керівництвом Державного управління справами в квітні 2004 року було створено санітарно-гігієнічний відділ по санітарно-епідемічному контролю за об'єктами в західному регіоні України в м.Трускавець. Відділ розташований за адресою: 72200, Львівська область, м.Трускавець, вул.Суховоля, 35. Займає приміщення загальною площею 105 м² в Державного підприємства “Санаторій “Кришталевий палац” Державного управління справами.
Санепідемстанція є бюджетним неприбутковим закладом охорони здоров’я, що входить до складу підприємств, установ і організацій, які забезпечують діяльність Президента України, Ради національної безпеки і оборони України, Секретаріату Президента України та інших створених Президентом України консультативних, дорадчих та допоміжних органів і служб, а також інших категорій осіб у передбачених чинним законодавством випадках.
Санітарно-епідеміологічний нагляд діяльності Верховної Ради України, Кабінету Міністрів України, інших державних органів здійснюється Санепідемстанцією в межах наданих їй бюджетних асигнувань, передбачених законом про Державний бюджет України на такі цілі.
Проводить нагляд за організацією санітарно-протиепідемічного забезпечення заходів, в яких беруть участь вищі посадові особи держави, забезпечує санітарно-епідеміологічне обслуговування офіційних делегацій іноземних держав, які прибувають в Україну з офіційними візитами.